Desde el año 2001 dirige el grupo de investigación “Soft Computing e Inteligencia Artificial”. Ha sido Presidente del Comité de Evaluación de «Ingeniería Técnica y Arquitectura» de la Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y Acreditación del Ministerio de Educación, (Programa PEP, evaluación de jóvenes doctores), Abril 2011 – Abril 2015. Es Profesor Honorario/Visitante en las siguientes universidades: Honorary Professor in the School of Computer Science, The University of Nottingham, UK, August 2013-Present,  Visiting Professor in the School of Innovation, Design and Engineering, Mälardalen Univ. Sweden, July 2013-Present, Visiting Researcher in the Faculty of Computer Science, King Abdulaziz University, Jeddah, Saudi Arabia (November 2014 – Present).  En el año 2018 es nombrado director del Instituto Andaluz Interuniversitario en Ciencia de Datos e Inteligencia Artificial, instituto de excelencia andaluz que han creado las Universidades de Granada y Jaén en el citado año.

Docencia. Durante estos años ha impartido docencia del ámbito de las Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial tanto en grado como en máster, centrando su docencia en los últimos años en temáticas de Inteligencia Computacional y Ciencia de Datos y Big Data. Ha supervisado cuarenta y cuatro tesis doctorales. Nueve de estos doctores son catedráticos en España y UK. Ha sido conferenciante invitado en conferencias plenarias y tutoriales en múltiples conferencias nacionales e internacionales, e impartido cursos en prestigiosas universidades nacionales y extranjeras.  

Investigación.  Francisco Herrera ha desarrollado una intensa actividad científica en el ámbito de la inteligencia artificial, destacando sus más de cuatrocientas publicaciones en revistas de impacto en temáticas de inteligencia artificial, con desarrollos en: Inteligencia Computacional (sistemas difusos, algoritmos evolutivos, deep learning, computación de palabras en toma de decisiones), fusión de información, bibliometría, biometría y ciencia de datos (preprocesamiento de datos, predicción, análisis de sentimentos y big data).

Ha publicado 6 libros en editoriales internacionales de prestigio («Genetic Fuzzy Systems», World Scientific, 2001, «Data Preprocessing in Data Mining», Springer, 2015, «The 2-tuple Linguistic Model. Computing with Words in Decision Making», Springer, 2015,»Multilabel Classification. Problem analysis, metrics and techniques, Springer, 2016, «Multiple Instance Learning. Foundations and Algorithms», Springer, 2016.  “Learning from Imbalanced Data Sets”, Springer, 2018. Es autor del libro divulgativo: «Inteligencia Artificial, Inteligencia Computacional y Big Data. Online: http://issuu.com/secacult_uja/docs/libro_francisco_herrera.indd. Servicio. Pub. Univ. Jaen, 2014.  

Ha dirigido y participa en proyectos nacionales y europeos centrados en el desarrollo de técnicas de Inteligencia Computacional y Ciencia de Datos y sus aplicaciones. Coordina la Red Nacional de Excelencia en «Big data y análisis de datos escalable» (2015-2019). Es editor principal de las revistas «Information Fusion» (Elsevier, Top 10 en la categoría de Inteligencia Artificial, Computer Sciences, JCR 2017), y «Progress in Artificial Intelligence» (Springer), auspiciada por las asociaciones española y portuguesa de inteligencia artificial. Es miembro del comité editorial de más de una docena de revistas internacionales de inteligencia computacional y minería de datos.

Sus publicaciones han recibido más de 70.000 citas en la base de base de datos del Google Scholar (http://scholar.google.es/citations?user=HULIk-QAAAAJ&hl=es), con índice h en Scholar Google de 134 (Mayo 2019). Está nominado como «Highly Cited Researcher» por Clarivate Analytics en las áreas de «Computer Sciences»  e «Engineering»  (Fuente: Highly Cited Researchers, desde 2014, http://highlycited.com/).

Transferencia. Ha dirigido contratos de transferencia de investigación para la aplicación de las técnicas de inteligencia artificial en diferentes áreas de negocio: analítica de datos financieros en banca, análisis inteligente de datos en el sector agroalimentario, datos energéticos, seguridad, … Estos proyectos se han realizado con diferentes empresas (Caja Granada, Caja Navarra/Banca Cívica, INCITA, INDRA, GAMESA, THALES, Cooperativa La Palma, INSPIRALIA, SHS, CETAQUA, Preditec, Ontech, Mapfre, REPSOL, HERTA, RETEVISION, EMERGYA, SHERPA, …).

Menciones honoríficas y premios. Ha dirigido equipos de trabajo que han ganado competiciones internacionales de prestigio en el ámbito de la optimización y la ciencia de datos; IEEE CEC 2010 High-dimensional Numerical Optimisation Competition, ICPR 2010 Contest for Classifier Domains of Dominance. ECBDL’14 big data competitionat GECCO 2014, IEEE CEC 2018 High-dimensional Numerical Optimisation Competition.  Ha recibido varias menciones honoríficas y premios, entre las que cabe destacar:  ECCAI Fellow 2009 (por la Federación Europea de Asociaciones de Inteligencia artificial (ECCAI)); IFSA Fellow award 2013 (International Fuzzy Systems Association);  2010 Premio Nacional de Informática ARITMEL 2010 (otorgado por la Sociedad Científica Informática de España);  2010 International Award: International Cajastur «Mamdani Prize» for Soft Computing (4ª edición, 2010, otorgado por el European Center of Soft Computing);  IEEE Transactions on Fuzzy System Outstanding 2008 Paper Award (bestowed in 2011);  2011 Lotfi A. Zadeh Prize (Best Paper Awaerd 2009-10) from International Fuzzy Systems Association; Reconocimiento AEPIA 2013 (reconocimiento de la Asociación Española de Inteligencia Artificial a la carrera científica y la promoción de la Inteligencia Artificial); Galardón «Natural de Jaén» 2014 de la Universidad de de Jaén; XV Premio Andalucía de Investigación «Maimónides» 2014 para el área de ciencias experimentales; IEEE Transactions on Fuzzy System Outstanding 2012 Paper Award (bestowed in 2015); Medalla de Andalucía 2017; Premio Security Forum I+D+i 2017 (proyecto UGR: Sistema de detección de armas de fuego en vídeo en tiempo real); Mejor artículo la Universidad de Granada en el campo de las Ciencias Técnicas (años 2011, 2013, 2014, 2015, 2016, 2018, 2019); PREMIO UGR-CAJA RURAL GRANADA: EXCELENTES EN EL CONOCIMIENTO 2017 y 2019 como investigador en el campo de las Ciencias Técnicas; 2017 IDEALES de JAEN (modalidad investigación). Premios del periódico IDEAL; Hijo Predilecto de Jódar, 2018; Premio «Granada: Ciudad de la Ciencia y la Innovación», 1ª Edición, Junio 2018.